王玉被關進馬三家二大隊,並被單獨看管。到馬三家後不久,曾有個司法部門的人來調查高蓉蓉被電擊的事。高蓉蓉被酷刑折磨的事在海外曝光,使中共很緊張,也很害怕。當時王玉把大家被龍山警察毒打和電擊的過程作了詳細說明。王玉問對方,將來對違法打人的獄警是如何處理的會告訴她嗎?來人竟說「不一定」。
當時王玉被迫害得身體已非常虛弱,因長時間絕食反迫害,她出現了習慣性嘔吐。她還被強制去參加所謂的「學習」。邪悟的苑淑珍講課時,她就在下面背法。後來馬三家成立嚴管大隊,王玉跟拒絕「轉化」、拒絕做奴工的法輪功學員們關在一起。遼寧冬天很冷,屋子裏不給暖氣,有的法輪功學員腳都長了凍瘡,腫了。一次因為煉功,王玉被獄警關在倉庫銬在椅子上一天一宿,手凍得又紅又腫。
還有一次,王玉和錦州的一位同修一起喊「法輪大法好」被獄警關進小號十天。那時正是隆冬季節,小號是個只有幾平米的小屋,裏面只有一個草墊子,在屋裏呆不了多久人就會被凍透了。即使睏了也睡不著,太冷了。小號裏經常能聽到其它小號中傳來的「法輪大法好!」的喊聲,一到這時,獄警怕大法弟子相互呼應,就打開收音機把音量放到最大進行干擾。在小號裏吃的也是特製的飯菜:窩頭、鹹菜。去廁所也受限制,一天兩次;不知道鐘點,問獄警也不告訴你,因害怕大法弟子發正念。
長時間的關押、營養跟不上,又不能煉功,王玉身體每況愈下,頭髮大量脫落。
大約二零零五年年底,因為被非法關押的法輪功學員越來越少,整個大隊又重新組建。原來專門用來看管堅修大法的那些邪悟者都被調走,換成警察。
二零零六年一月中旬,王玉又一次絕食。大年初二,被迫害的身體極度虛弱的她患了急性腎衰竭和糖尿病。直到這時馬三家才不得不讓她回家。