二零一六年,馬雲飛在河北平山縣利用職務之便,非法討債,平山縣警方以非法拘禁罪,將其起訴。後來通過關係辦理取保候審。
二零一七年至二零一八年,在取保候審期間,馬雲飛利用職務強行侵佔開發商財產,並長期雇佣十幾名涉黑人員恐嚇、威脅、毆打受害人,無視國家法律,被受害人舉報到省紀委。
二零一八年四月三日,馬雲飛被定州市公安局拘留二十天,關押在望都縣看守所(因定州市看守所正在維修)。
二零一八年四月五日凌晨四點多,河北省公安廳在定州市抓捕馬雲飛手下的十幾個涉黑人員,同時把望都縣看守所的馬雲飛一同抓到石家莊。
馬雲飛在當警察和國保大隊副隊長期間一直參與迫害法輪功,二零一二年六月二十一日中午一點左右,河北定州市楊家莊鄉大窪裏村(胡蘿蔔基地)村民法輪功學員賈佔民,剛澆地回家,楊家莊鄉派出所所長曲波、指導員劉曉勇、鄉政法委人員張建坡等開著警車緊隨其後就闖進家門。約十分鐘後,定州市國保大隊的隊長馬鐵柱、馬雲飛等五、六個人闖進賈佔民家。後在鄉親們的幫助下,惡警綁架賈佔民未遂。